Вопрос про счета фактуры

Друзья, у меня, возможно, не совсем правильной вопрос... Но он встал передо мной...)))
Есть у на контрагент, чудесный и прекрасный. И он до этого года был без НДС.
И по договорённости между боссами закрывающие документы сформировал и печатал наша бухгалтерия. А контрагент только подписывал. И повторюсь, он был без НДС поэтому вопросов не возникало)))
А теперь он на НДС. И как ему формировать закрывающие документы - моя затрудняется. Акт выполненных работ у нас сделан, но ведь теперь нужно счёт фактуру оформить.
Вопрос: её нужно нлуюето в программе регистрировать Для того что во ней узнала налоговая? Вопрос вызван тем, что когда я по другой фирме фомтровала декларацию по НДС, то система мне часто писала, что вот такой счёт фактура имеет расхождения...
А как система об этом узнавала?